故事发生在一个由神明辉夜兔创造的世界 这个世界上存在着名为查克拉的魔法，普通人通过修行可以吸收查克拉，习得强大的忍术，成为具有移山倒海之力的强大忍者。由于这个世界里的人都长有一对兔耳，因此也被称作“兔忍”。这个世界因为盛行忍法也因此被称作“忍界”。 具有全世界最强战力的兔忍被称作最强兔忍，这也是无数强者奋斗一生的目标。 玩家作为木叶村的一名忍校学生，将成为最强兔忍和拯救世界作为自己的目标，和小伙伴们一同奋斗。 然而在暗中，名为破晓组织的势力一直在活跃，他们的动机未知，但毁灭木叶村似乎是其中必不可少的一环，而且这当中似乎还牵扯到了远古神明的复苏。 所以玩家不得不打爆所有前来袭击村庄的怪兽和兔忍，含泪收下经验的同时，向成为最强兔忍一步步迈进。